Grzyby występują powszechnie w naszym środowisku, a do najczęściej potwierdzanych u ludzi należą te z rodzaju Candida (zdecydowana większość) i Aspergillus.

Grzyby z rodzaju Candida występują powszechnie na skórze i w przewodzie pokarmowym człowieka. W związku z tym, źródłem zakażenia drożdżakowego jest najczęściej sam chory lub ewentualnie osoby z jego otoczenia. Natomiast do zakażenia grzybami pleśniowymi (w tym m.in. z rodzaju Aspergillus, Mucor, Rhizopus czy Absidia) dochodzi zwykle drogą wziewną wskutek wdychania zarodników z powietrza. Po inwazji, w ciele człowieka dochodzi do rozsiewu i tworzenia przerzutowych ognisk zakażenia poprzez naczynia krwionośne w różnych narządach: wątrobie, śledzionie, płucach, nerkach, ośrodkowym układzie nerwowym, zatokach obocznych nosa i innych.